مولکولی

روش های از بین بردن DNA ژنومی در RNA استخراج شده

آنزیم DNAase

 

آنزیم DNAase

 

برای کاهش آلودگی فنولی می‌توان شستشو با اتانول ۷۵% را تکرار کرد. نشان داده شده که آلودگی با ترکیبات فنولی به برنامه‌های پایین دست آسیب چندانی نمی‌زند و قابل چشم پوشی است.

معمولاً RNA استخراج شده در مرحله‌ی قبل به DNA ژنومی آلوده است که در آزمایشات qPCR اختلال ایجاد می‌کند. برای از بین بردن آن روش‌های متعددی از جمله تیمار نمونه‌های RNA استخراج شده با DNase وجود دارد.

 

در استفاده از آنزیم DNase برای از بین بردن DNA باید به این نکته توجه شود که خنثی سازی عملکرد آنزیم با EDTA به درستی انجام شود، زیرا حضور منیزیم در دمای بالا قابلیت تخریب RNA را دارد.

 

 

روش‌های مختلفی علاوه بر DNase برای از بین بردن DNA وجود دارد مانند ستون‌های حذف کننده‌ی DNA، استفاده از لیتیم کلراید ( برای کار با miRNA استفاده از لیتیم کلراید توصیه نمی‌شود)، دانه‌های مغناطیسی (m-beads)… .

علاوه بر این با طراحی پرایمر بصورت اختصاصی ( Exon-exon junction) برای RNA تاثیر آلودگی آن را با DNA می‌توان خنثی کرد.

یکی از راه‌های تشخیص آلودگی RNA استخراج شده به DNA، استفاده از ژل الکترفورز است که به دلیل سنگین بودن آن در قسمت بالایی ژل قرار می‌گیرد و از RNA و cDNA قابل تفکیک است‌.

یکی دیگر از راه‌های تشخیص آلودگی نمونه به DNA، استفاده Real time pcr است که نمونه RNA را در کنار نمونه‌های cDNA برای ژن مورد نظر تکثیر می‌ کنند که تکثیر این محصول نشان از آلودگی نمونه با DNA است.

برچسب ها
نمایش بیشتر
دکمه بازگشت به بالا
بستن