آنزیم DNAase
معمولاً RNA استخراج شده به DNA ژنومی آلوده است که در آزمایشات qPCR اختلال ایجاد می‌کند. برای از بین بردن آن روش‌های متعددی وجود دارد. تیمار نمونه‌های RNA استخراج شده با DNase از رایج ترین روش های تخلیص RNA است.
در استفاده از آنزیم DNase برای از بین بردن DNA باید به این نکته توجه شود که خنثی سازی عملکرد آنزیم با EDTA به درستی انجام شود، زیرا حضور منیزیم در دمای بالا قابلیت تخریب RNA را دارد.
روش‌های مختلفی علاوه بر DNase برای از بین بردن DNA وجود دارد مانند ستون‌های حذف کننده‌ی DNA، استفاده از لیتیم کلراید ( برای کار با miRNA استفاده از لیتیم کلراید توصیه نمی‌شود)، دانه‌های مغناطیسی (m-beads) و…
علاوه بر این با طراحی پرایمر بصورت اختصاصی ( Exon-exon junction) برای RNA تاثیر آلودگی آن را با DNA می‌توان خنثی کرد.
یکی از راه‌های تشخیص آلودگی RNA استخراج شده به DNA، استفاده از ژل الکترفورز است که به دلیل سنگین بودن آن در قسمت بالایی ژل قرار می‌گیرد و از RNA و cDNA قابل تفکیک است.
یکی دیگر از راه‌های تشخیص آلودگی نمونه به DNA، استفاده Real time pcr است که نمونه RNA را در کنار نمونه‌های cDNA برای ژن مورد نظر تکثیر می کنند که تکثیر این محصول نشان از آلودگی نمونه با DNA است.
مطالب مرتبط: بررسی کمی استخراج RNA با اسپکتروفوتومتر در سلول یا بافت – سنتز cDNA از RNA استخراج شده از سلول و بافت
خدمات مرتبط: استخراج RNA و DNA سنتز cDNA ، طراحی پرایمر ، انجام تکنیک Real time PCR
