نواحی تشکیل دهنده وکتورها یا پلاسمید Selection Marker Ribosome Binding Site

بعد از رونویسی از ژن ها، باید ترجمه توسط ریبوزوم‌ها صورت پذیرد. بنابراین باید جایگاهی برای اتصال محکم ریبوزوم در ناحیه شروع ترجمه فراهم باشد، در غیر این صورت ترجمه آغاز نخواهد شد و یا کارآیی کافی را نخواهد داشت. توالی جایگاه اتصال ریبوزوم در گونه‌های مختلف متفاوت می باشد اما در برخی از گونه‌ها حضور کدون آغازین برای شروع ترجمه کفایت می‌نماید که این نکته باید با توجه به مقالات تعیین شود.

جایگاه اتصال ریبوزوم در باکتری‌ها توالی (Shine-Dalgarno (SD می باشد که معمولا ۸ نوکلئوتید بالادست کدون آغاز قرار دارد. البته بسیاری از وکتورهایی که برای بیان ژن ها در باکتری‌ها طراحی شده اند دارای توالی (Shine-Dalgarno (SD در ساختار خود می‌باشند. بنابراین نیازی به افزودن این توالی بر روی توالی insert نمی‌باشد.

Selection Marker

وارد کردن پلاسمیدها به سلول‌های E.coli فرآیند کارآمدی نیست. زیرا بسیاری از کلنی‌های حاصل فاقد مولکول پلاسمید بوده و تمیز دادن آنها از کلنی‌های دارای پلاسمید کاری بس دشوار می‌باشد. همچنین سلول‌های فاقد پلاسمید نسبت به سلول‌های دارای پلاسمید رشد بهتری دارند. بعلت همانندسازی همزمان DNA کروموزومی و پلاسمید وارد شده در سلول های دارای پلاسمید، این سلول ها انرژی بیشتری را صرف تکثیر نموده و مسلما رشد کمتری خواهند داشت. بخصوص زمانی که پلاسمیدهای بزرگ و یا پلاسمیدهایی با تعداد رونوشت بالا در سلول وارد شده باشد. بنابراین روشی برای انتخاب کلنی‌های دارای پلاسمید مورد نیاز است. این امکان با افزودن مارکر انتخابی به ساختار پلاسمید فراهم می‌شود. در سیستم E.coli  بطور معمول از ژن مقاومت به آنتی بیوتیک استفاده می شود. اضافه کردن آنتی بیوتیک به محیط کشت موجب می‌شود تنها سلول‌هایی که ژن مقاومت به آنتی بیوتیک مربوطه را که به دلیل حضور یک پلاسمید نوترکیب بیان می‌کنند، زنده بمانند و رشد کنند و سلولهای فاقد پلاسمید حذف گردند. آنتی بیوتیک ها به دو گروه اصلی دسته بندی می شوند: آنتی بیوتیک هایی که مانع از رشد و تکثیر باکتری ها می شوند (Bacteriostatic) و آنتی بیوتیک هایی که باکتری ها را می کشند (Bactericidal).

در جدول زیر تعدادی از آنتی بیوتیک هایی که بصورت رایج در آزمایشگاه ها استفاده می شود ذکر شده است.

مطالب مرتبط: فرآیند بیان و تخلیص پروتئین نوترکیب در سیستم بیانی پروکاریوتی – اجزا تشکیل دهنده وکتورها یا پلاسمیدها ی بیانی